据了解，《意见》有四个部分共十三条。第一部分为“全面深化对环境资源审判工作的认识”，共二条。第二部分为“加强环境资源审判机构建设”，共二条。第三部分为“完善环境资源审判工作机制”，共四条。第四部分为“充分发挥环境资源审判职能作用”，共五条。
其中，第三部分“完善环境资源审判工作机制”，对规范环境资源审判职能做出了解释，环境资源审判机构负责审理破坏资源、污染环境和资源环境保护失职等涉及环境资源保护的刑事案件，与环境和自然资源相关的侵权责任纠纷、与资源有关的物权（土地承包经营权、建设用地使用权、宅基地使用权、地役权确认纠纷除外）和合同纠纷、旅游纠纷等民事案件，环境保护、国土资源、旅游、林业、水力、渔业等与自然资源保护、利用相关行政管理范围内的行政案件和非诉行政执行案件（城市房屋征收、房屋权属登记及由此引发的信息公开、行政复议等案件除外），对污染环境、破坏生态、损害社会公共利益等提起的公益诉讼案件。最高人民法院出台环境资源案件的案由规定后，按照最高人民法院确定的环境资源案件审理范围执行。
在第四部分“充分发挥环境资源审判职能作用”中还指出，将补种复绿、增殖放流等环境资源恢复行为，纳入量刑情节予以考虑，在对被告人判处刑罚处罚的同时，注重恢复性司法理念在刑事审判中的运用。